Ngày 13/5/2021, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã có văn bản số 1943/BGDĐT-GDĐH hướng dẫn triển khai đào tạo trình độ tiến sĩ, thạc sĩ bằng nguồn ngân sách nhà nước theo Quyết định số 89/QĐ-TTg ngày 18/01/2019 của Thủ tướng Chính phủ (Đề án 89). Đề án nhằm nâng cao năng lực đội ngũ giảng viên, cán bộ quản lý các cơ sở giáo dục đại học đáp ứng yêu cầu đổi mới căn bản toàn diện giáo dục và đào tạo giai đoạn 2019 - 2030, trong đó có nhiệm vụ đào tạo trình độ tiến sĩ và thạc sĩ cho đội ngũ giảng viên các cơ sở giáo dục đại học ở trong và ngoài nước bằng nguồn ngân sách nhà nước.
Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - ĐHQG HCM được chọn là một trong số các cơ sở đào tạo trong nước tham gia Đề án 89. Các ngành đào tạo Tiến sĩ của Khoa Toán-Tin học đã được chọn tham gia vào đề án này gồm:
1. Toán giải tích.
2. Toán ứng dụng.
3. Đại số và Lý thuyết số.
