Ngày 13/5/2021, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã có văn bản số 1943/BGDĐT-GDĐH hướng  dẫn triển khai  đào  tạo trình  độ  tiến  sĩ,  thạc  sĩ  bằng  nguồn ngân sách nhà nước theo Quyết định số  89/QĐ-TTg  ngày  18/01/2019  của Thủ  tướng Chính  phủ (Đề án 89). Đề án nhằm nâng cao năng lực đội ngũ giảng viên, cán bộ quản lý các cơ sở giáo dục đại học đáp ứng yêu cầu đổi mới căn bản toàn diện giáo dục và đào tạo giai đoạn 2019 - 2030, trong đó có nhiệm vụ đào tạo trình độ tiến sĩ và thạc sĩ cho đội ngũ giảng viên các cơ sở giáo dục đại học ở trong và ngoài nước bằng nguồn ngân sách nhà nước.

Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - ĐHQG HCM được chọn là một trong số các cơ sở đào tạo trong nước tham gia Đề án 89. Các ngành đào tạo Tiến sĩ của Khoa Toán-Tin học đã được chọn tham gia vào đề án này gồm: 

1. Toán giải tích.

2. Toán ứng dụng.

3. Đại số và Lý thuyết số.